MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Coding Repeats of Acidithiobacillus caldus SM-1 megaplasmid

Total Repeats: 3998

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S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_015851	TGGTA	2	10	347	356	20 %	40 %	40 %	0 %	340783626
2	NC_015851	GCT	2	6	389	394	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783626
3	NC_015851	CAT	2	6	427	432	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
4	NC_015851	ATGG	2	8	559	566	25 %	25 %	50 %	0 %	340783626
5	NC_015851	GAA	2	6	602	607	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783626
6	NC_015851	CAT	2	6	680	685	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
7	NC_015851	TACGG	2	10	686	695	20 %	20 %	40 %	20 %	340783626
8	NC_015851	CGAGG	2	10	698	707	20 %	0 %	60 %	20 %	340783626
9	NC_015851	CTA	2	6	803	808	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783626
10	NC_015851	GCA	2	6	857	862	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783626
11	NC_015851	GGA	2	6	890	895	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783626
12	NC_015851	CTG	2	6	950	955	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783626
13	NC_015851	CAA	2	6	970	975	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783626
14	NC_015851	GGT	2	6	1015	1020	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783626
15	NC_015851	GGT	2	6	1048	1053	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783626
16	NC_015851	GA	3	6	1084	1089	50 %	0 %	50 %	0 %	340783626
17	NC_015851	GAG	2	6	1119	1124	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783626
18	NC_015851	GAT	2	6	1186	1191	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
19	NC_015851	TTC	2	6	1217	1222	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783627
20	NC_015851	GAT	2	6	1240	1245	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
21	NC_015851	CCGCAT	2	12	1301	1312	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	340783627
22	NC_015851	G	6	6	1333	1338	0 %	0 %	100 %	0 %	340783627
23	NC_015851	GTGGA	2	10	1343	1352	20 %	20 %	60 %	0 %	340783627
24	NC_015851	CT	4	8	1364	1371	0 %	50 %	0 %	50 %	340783627
25	NC_015851	GTTG	2	8	1378	1385	0 %	50 %	50 %	0 %	340783627
26	NC_015851	G	6	6	1395	1400	0 %	0 %	100 %	0 %	340783627
27	NC_015851	TGCC	2	8	1480	1487	0 %	25 %	25 %	50 %	340783627
28	NC_015851	CCA	2	6	1518	1523	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783627
29	NC_015851	TGA	2	6	1532	1537	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783627
30	NC_015851	AGG	2	6	1555	1560	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783628
31	NC_015851	G	6	6	1684	1689	0 %	0 %	100 %	0 %	340783628
32	NC_015851	C	6	6	1728	1733	0 %	0 %	0 %	100 %	340783628
33	NC_015851	AAAG	2	8	1736	1743	75 %	0 %	25 %	0 %	340783628
34	NC_015851	GCC	2	6	1773	1778	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
35	NC_015851	CCG	2	6	1780	1785	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
36	NC_015851	CCA	2	6	1795	1800	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783628
37	NC_015851	CGC	2	6	1820	1825	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
38	NC_015851	GCC	2	6	1836	1841	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
39	NC_015851	CGC	3	9	1862	1870	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
40	NC_015851	CCG	2	6	1873	1878	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
41	NC_015851	TGG	2	6	1895	1900	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783628
42	NC_015851	GCC	2	6	1902	1907	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
43	NC_015851	CCA	2	6	1924	1929	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783628
44	NC_015851	CCG	2	6	1933	1938	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783628
45	NC_015851	CCT	2	6	1957	1962	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783628
46	NC_015851	CCT	2	6	2002	2007	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783628
47	NC_015851	CGG	2	6	2102	2107	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783628
48	NC_015851	TCGGG	2	10	2164	2173	0 %	20 %	60 %	20 %	340783628
49	NC_015851	GGC	2	6	2232	2237	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783628
50	NC_015851	AGA	2	6	2270	2275	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783628
51	NC_015851	TTC	2	6	2542	2547	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783629
52	NC_015851	GCCT	2	8	2567	2574	0 %	25 %	25 %	50 %	340783629
53	NC_015851	TTTC	2	8	2645	2652	0 %	75 %	0 %	25 %	340783629
54	NC_015851	ATA	2	6	2773	2778	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
55	NC_015851	GTATC	2	10	2843	2852	20 %	40 %	20 %	20 %	340783629
56	NC_015851	TA	4	8	2876	2883	50 %	50 %	0 %	0 %	340783629
57	NC_015851	ACT	2	6	3020	3025	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
58	NC_015851	GGT	2	6	3085	3090	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783629
59	NC_015851	GGT	2	6	3139	3144	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783629
60	NC_015851	AAT	2	6	3198	3203	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
61	NC_015851	CTAT	2	8	3204	3211	25 %	50 %	0 %	25 %	340783629
62	NC_015851	TTGC	2	8	3238	3245	0 %	50 %	25 %	25 %	340783629
63	NC_015851	T	6	6	3252	3257	0 %	100 %	0 %	0 %	340783629
64	NC_015851	CAGCT	2	10	3267	3276	20 %	20 %	20 %	40 %	340783629
65	NC_015851	TATTT	2	10	3366	3375	20 %	80 %	0 %	0 %	340783629
66	NC_015851	CAT	2	6	3383	3388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
67	NC_015851	T	6	6	3388	3393	0 %	100 %	0 %	0 %	340783629
68	NC_015851	CTG	2	6	3418	3423	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783629
69	NC_015851	ATT	2	6	3427	3432	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783629
70	NC_015851	ATC	2	6	3466	3471	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783629
71	NC_015851	AAG	2	6	3499	3504	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783629
72	NC_015851	TATTT	2	10	3552	3561	20 %	80 %	0 %	0 %	340783629
73	NC_015851	AAT	2	6	3565	3570	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783629
74	NC_015851	TGC	2	6	3596	3601	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783629
75	NC_015851	AAC	2	6	3607	3612	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783629
76	NC_015851	C	6	6	3620	3625	0 %	0 %	0 %	100 %	340783629
77	NC_015851	TAT	2	6	3636	3641	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783629
78	NC_015851	TGA	2	6	3725	3730	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783629
79	NC_015851	AT	3	6	3737	3742	50 %	50 %	0 %	0 %	340783629
80	NC_015851	ATT	2	6	3852	3857	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783630
81	NC_015851	CAA	2	6	3868	3873	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783630
82	NC_015851	TCATTG	2	12	3950	3961	16.67 %	50 %	16.67 %	16.67 %	340783630
83	NC_015851	ATG	2	6	3970	3975	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
84	NC_015851	GTG	2	6	3991	3996	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
85	NC_015851	ACG	2	6	4037	4042	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
86	NC_015851	GAGC	2	8	4068	4075	25 %	0 %	50 %	25 %	340783630
87	NC_015851	ATG	2	6	4255	4260	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
88	NC_015851	GTT	2	6	4272	4277	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783630
89	NC_015851	GAT	2	6	4278	4283	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783630
90	NC_015851	C	6	6	4309	4314	0 %	0 %	0 %	100 %	340783630
91	NC_015851	ATT	2	6	4436	4441	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783630
92	NC_015851	AGC	2	6	4584	4589	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
93	NC_015851	TA	3	6	4600	4605	50 %	50 %	0 %	0 %	340783630
94	NC_015851	TAC	2	6	4702	4707	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783630
95	NC_015851	GAG	2	6	4755	4760	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783630
96	NC_015851	TA	3	6	4765	4770	50 %	50 %	0 %	0 %	340783630
97	NC_015851	GCGG	2	8	4838	4845	0 %	0 %	75 %	25 %	340783630
98	NC_015851	GAC	2	6	4864	4869	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783630
99	NC_015851	GGT	2	6	4891	4896	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
100	NC_015851	GGT	2	6	4959	4964	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783630
101	NC_015851	GAA	2	6	5017	5022	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
102	NC_015851	AGAA	2	8	5092	5099	75 %	0 %	25 %	0 %	340783631
103	NC_015851	GAA	2	6	5261	5266	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
104	NC_015851	T	6	6	5288	5293	0 %	100 %	0 %	0 %	340783631
105	NC_015851	TGC	2	6	5353	5358	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783631
106	NC_015851	GTT	2	6	5446	5451	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	340783631
107	NC_015851	GGA	2	6	5471	5476	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783631
108	NC_015851	GGATT	2	10	5489	5498	20 %	40 %	40 %	0 %	340783631
109	NC_015851	GCC	2	6	5596	5601	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783631
110	NC_015851	AT	3	6	5605	5610	50 %	50 %	0 %	0 %	340783631
111	NC_015851	CTC	2	6	5709	5714	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783631
112	NC_015851	GT	3	6	5720	5725	0 %	50 %	50 %	0 %	340783631
113	NC_015851	CTT	2	6	5786	5791	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783631
114	NC_015851	GAT	2	6	5822	5827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783631
115	NC_015851	TGC	2	6	5947	5952	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783631
116	NC_015851	GAA	2	6	5981	5986	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783631
117	NC_015851	TG	3	6	5995	6000	0 %	50 %	50 %	0 %	340783631
118	NC_015851	GGC	2	6	6057	6062	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783632
119	NC_015851	TCTTT	2	10	6064	6073	0 %	80 %	0 %	20 %	340783632
120	NC_015851	GCA	2	6	6236	6241	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
121	NC_015851	A	6	6	6333	6338	100 %	0 %	0 %	0 %	340783632
122	NC_015851	AGG	2	6	6366	6371	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783632
123	NC_015851	ATAG	2	8	6373	6380	50 %	25 %	25 %	0 %	340783632
124	NC_015851	TATC	2	8	6448	6455	25 %	50 %	0 %	25 %	340783632
125	NC_015851	A	6	6	6504	6509	100 %	0 %	0 %	0 %	340783632
126	NC_015851	A	6	6	6612	6617	100 %	0 %	0 %	0 %	340783632
127	NC_015851	A	6	6	6627	6632	100 %	0 %	0 %	0 %	340783632
128	NC_015851	CGA	2	6	6701	6706	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
129	NC_015851	GAC	2	6	6715	6720	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
130	NC_015851	AGC	2	6	6828	6833	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783632
131	NC_015851	GTG	2	6	6935	6940	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783632
132	NC_015851	ATC	2	6	6994	6999	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783632
133	NC_015851	GAT	2	6	7204	7209	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783633
134	NC_015851	ACGA	2	8	7229	7236	50 %	0 %	25 %	25 %	340783633
135	NC_015851	AGA	2	6	7293	7298	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783633
136	NC_015851	GGT	2	6	7306	7311	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783633
137	NC_015851	GCT	2	6	7319	7324	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
138	NC_015851	AGC	2	6	7362	7367	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783633
139	NC_015851	TCC	2	6	7381	7386	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783633
140	NC_015851	GAT	2	6	7399	7404	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783633
141	NC_015851	TGG	2	6	7416	7421	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783633
142	NC_015851	CTG	2	6	7466	7471	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
143	NC_015851	TCG	2	6	7474	7479	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
144	NC_015851	GCT	2	6	7515	7520	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783633
145	NC_015851	AGGA	2	8	7660	7667	50 %	0 %	50 %	0 %	340783634
146	NC_015851	GGT	2	6	7737	7742	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783634
147	NC_015851	CGG	2	6	7810	7815	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
148	NC_015851	GC	3	6	7818	7823	0 %	0 %	50 %	50 %	340783634
149	NC_015851	GGC	2	6	7929	7934	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
150	NC_015851	CTG	2	6	7981	7986	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
151	NC_015851	GCC	2	6	7996	8001	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783634
152	NC_015851	GC	3	6	8044	8049	0 %	0 %	50 %	50 %	340783634
153	NC_015851	CGG	2	6	8050	8055	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
154	NC_015851	CCG	2	6	8082	8087	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783634
155	NC_015851	CGT	2	6	8190	8195	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
156	NC_015851	ACT	2	6	8372	8377	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783634
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158	NC_015851	AGA	2	6	8447	8452	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783634
159	NC_015851	CGG	2	6	8467	8472	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
160	NC_015851	CTG	2	6	8541	8546	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783634
161	NC_015851	TCA	2	6	8549	8554	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783634
162	NC_015851	GC	3	6	8602	8607	0 %	0 %	50 %	50 %	340783634
163	NC_015851	CGG	2	6	8654	8659	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
164	NC_015851	CTC	2	6	8728	8733	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783634
165	NC_015851	CTT	2	6	8826	8831	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783634
166	NC_015851	GCG	2	6	8881	8886	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783634
167	NC_015851	CGCC	2	8	8893	8900	0 %	0 %	25 %	75 %	340783634
168	NC_015851	TGCC	2	8	9382	9389	0 %	25 %	25 %	50 %	340783635
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170	NC_015851	AGAA	2	8	9415	9422	75 %	0 %	25 %	0 %	340783635
171	NC_015851	ATGCC	2	10	9436	9445	20 %	20 %	20 %	40 %	340783635
172	NC_015851	AAG	2	6	9501	9506	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	340783635
173	NC_015851	GTG	2	6	9663	9668	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	340783636
174	NC_015851	GC	3	6	9675	9680	0 %	0 %	50 %	50 %	340783636
175	NC_015851	TCG	2	6	9802	9807	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783636
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179	NC_015851	GC	3	6	9938	9943	0 %	0 %	50 %	50 %	340783636
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260	NC_015851	G	6	6	15399	15404	0 %	0 %	100 %	0 %	340783642
261	NC_015851	GCGA	2	8	15453	15460	25 %	0 %	50 %	25 %	340783642
262	NC_015851	GCC	2	6	15464	15469	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	340783642
263	NC_015851	CAA	2	6	15559	15564	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	340783642
264	NC_015851	CAG	2	6	15602	15607	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783642
265	NC_015851	GCT	2	6	16091	16096	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	340783643
266	NC_015851	CG	3	6	16101	16106	0 %	0 %	50 %	50 %	340783643
267	NC_015851	AT	3	6	16251	16256	50 %	50 %	0 %	0 %	340783643
268	NC_015851	ATA	2	6	16347	16352	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783643
269	NC_015851	TTTG	2	8	16594	16601	0 %	75 %	25 %	0 %	340783643
270	NC_015851	TTC	2	6	16609	16614	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	340783643
271	NC_015851	TTA	2	6	16792	16797	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	340783643
272	NC_015851	AGC	2	6	16808	16813	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783643
273	NC_015851	ATG	2	6	16844	16849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783643
274	NC_015851	AGCTAT	2	12	17093	17104	33.33 %	33.33 %	16.67 %	16.67 %	340783643
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277	NC_015851	AAT	2	6	17359	17364	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783643
278	NC_015851	CTA	3	9	17556	17564	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783643
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280	NC_015851	TCA	2	6	17849	17854	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	340783643
281	NC_015851	CAC	2	6	17869	17874	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	340783643
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283	NC_015851	GGTAT	2	10	18081	18090	20 %	40 %	40 %	0 %	340783643
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285	NC_015851	AT	3	6	18142	18147	50 %	50 %	0 %	0 %	340783643
286	NC_015851	ATG	2	6	18209	18214	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	340783643
287	NC_015851	CTTT	2	8	18222	18229	0 %	75 %	0 %	25 %	340783643
288	NC_015851	CCAC	2	8	18384	18391	25 %	0 %	0 %	75 %	340783644
289	NC_015851	CGGC	2	8	18394	18401	0 %	0 %	50 %	50 %	340783644
290	NC_015851	CTC	2	6	18459	18464	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	340783644
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293	NC_015851	TGCG	2	8	18500	18507	0 %	25 %	50 %	25 %	340783644
294	NC_015851	CG	3	6	18531	18536	0 %	0 %	50 %	50 %	340783644
295	NC_015851	GCG	2	6	18543	18548	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	340783644
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298	NC_015851	GAC	2	6	18607	18612	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	340783644
299	NC_015851	TAA	2	6	18632	18637	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	340783644
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499	NC_015851	GGA	2	6	30104	30109	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	340783654
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